Der jetzige Jakobusfriedhof ist der 3. Standort in der Brunsbütteler Geschichte.
Er wurde 1841 eröffnet.
Ursprünglich wurden die Toten auf dem Kirchhof der ersten Kirche beigesetzt, die, ebenso wie der mittelalterliche Ortskern, nach mehreren Sturmfluten im Laufe des 17. Jahrhunderts aufgegeben werden musste.
1652 vermachte der Kirchspielvogt Matthias Boie in seinem Testament dem Kirchspiel Brunsbüttel Land für die Anlage eines neuen, sturmflutsicheren Friedhofs. Dieser wurde 1654 im Karree angelegt, aufgeschüttet, mit holländischen Ulmen bepflanzt und von einem Graben umzogen. 1678 entstand an dieser Stelle auch die Jakobuskirche.
Im Juni 1838 wurde im Kirchenkollegium über die Anlegung eines neuen Begräbnisplatzes diskutiert.
Man einigte sich, dass der Landesgevollmächtigte Peter Hinrich Piehl zusammen mit Pastor Friedrich Müller, dem Kirchspielvogt Peter Jacob Hedde und dem Landesgevollmächtigten Dr. Johannßen das Friedhofsprojekt und seine Ausführung erarbeiten sollten.
Im Mai 1839 begann Peter Hinrich Piehl mit der Ausführung seines „Lieblingsplanes“ und ließ seine Tagelöhner den geplanten Entwässerungsgraben um den neuen Begräbnisplatz markieren.
Peter Hinrich Piehl ließ auch den höchsten bekanntgewordenen Wasserstand im Fleet ermitteln und plädierte dafür, soviel Erde aufzufahren, dass der Begräbnisplatz 5 Fuß (ca. 1,50m) über dem höchsten Wasserstand im Fleet lag.
Die Kommission stimmte diesem Plan zu.
Das Fleet musste stellenweise verlegt werden, um dem Friedhof die geplante Form und Größe zu geben.
Am 18. Juni 1840 wurde der Kauf-und Tauschkontrakt für das von Major von Wöldicke abgekaufte Land im Beisein des Kirchspielvogts Peter Jacob Hedde unterschrieben, und am 27.Juni 1840 konnten die erforderlichen Erhöhungs- und Planierungsarbeiten des neuen Begräbnisplatzes abgeschlossen werden.
Auf seiner letzten großen Reise durch Holstein im September 1840 bestellte Peter Hinrich Piehl in Hamburg 160 Kastanien für die Friedhofsumpflanzung.
Auch ein Leichenhaus wollte er bauen lassen und führte darüber ein erstes Gespräch mit einem Hamburger Architekten.
Leider hat sein früher Tod diesen Plan vereitelt.
Am 17. November 1841 wurde der neue Friedhof in Brunsbüttel eingeweiht.
Peter Hinrich Piehl hat diesen festlichen Akt nicht mehr erlebt. Er starb wenige Tage vorher, am 14. November 1841 und wurde als erster auf dem neuen Begräbnisplatz beigesetzt.
In den Jahren 1963/64 wurde die Friedhofskapelle nach dem Plan des Architekten Siegfried Hansen aus Marne errichtet.
Wie der gesamte Friedhof steht sie mittlerweile unter Denkmalschutz.